北京北大方正软件技术学院现有七个教学系：计算机软件技术系、计算机网络技术系、计算机应用技术系、经济管理系、外国语系、多媒体艺术设计系、电子信息工程系，另有基础教学部、国际教育学院共同组成学院的教育教学系统。
    现有专业22个，分别是：软件技术（方正国际订单项目）、软件测试技术（方正国际订单项目）、软件技术（ACCP）、图文信息技术（游戏程序）、计算机网络技术、信息安全技术、计算机应用技术、计算机应用技术（网络传播与电子出版）、计算机信息管理、电子信息工程技术、电子设备与运行管理（医疗器械应用技术）、地理信息系统与地图制图技术（城市数字化）、应用英语（IT）、应用日语（IT）、文秘（国际信息化商务秘书）、工商企业管理（国际物流管理）、会计、电子商务、动漫设计与制作 (影视动画制作) 、图形图像制作 (数码影视制作) 、艺术设计 (游戏动画设计) 、艺术设计（平面设计）。